Если dll находится в подпапке, вы можете добавить эту папку в Личный путь AppDomain .
Путь к приватному бину в AppDomain нельзя изменить после создания AppDomain (AppDomain.AppendPrivatePath устарел), если вы не хотите создавать новый AppDomain, вы можете изменить зондирующий элемент в App.config.
Если его нет в подпапке, все усложняется, вы можете загрузить сборку , используя ее полный путь, но если она ссылается на другую сборку, CLR не сможет разрешить зависимости .
Если вы хотите разрешить зависимости, вы можете добавить обработчик в AppDomain.AssemblyResolve и получить необходимую сборку в вашей конкретной папке.
Другая возможность состоит в том, чтобы поместить эту dll (и зависимости) в GAC.