Требуется модуль Perl пакета ViennaRNA RNA.pm

Question

Я использую набор инструментов под названием RNA Framework, для которого требуется установка ViennaRNA.

Я установил ViennaRNA 2.4.14 для запуска функции с именем rf-fold, однако я постоянно получаю эту ошибку:

[!] Error: ViennaRNA package's Perl module RNA.pm is required.

Please ensure that `ViennaRNA package v2.2.0` (or greater) is installed and try again

Когда я проверяю отсутствующий модуль RNA.pm, я вижу, что он находится по этому пути:

/home/user/ViennaRNA/lib/site_perl/5.28.0/

, когда проверяю, какой Perl я использую (type: which Perl) это дает мне:

/home/user/perl5/perlbrew/perls/perl-5.28.0/bin/perl

Я пробовал разные способы установки ViennaRNA, включая conda install -c bioconda viennarna, компиляцию и установку из файла ViennaRNA-2.4.14.tar.gz с официального сайта. Но я не могу справиться с этой ошибкой.

Я видел похожую проблему здесь и есть решение (https://www.perlmonks.org/?node_id=1052814), но я не полностью понимаю содержание. Заранее благодарим за любую помощь и извините, если это основной c вопрос!

Answer 1

Я думаю, что RNA.pm идет с пакетом, когда вы загружаете ViennaRNA-2.4.14.tar.gz и устанавливаете по этой ссылке .

Итак, я обнаружил, что мой RNA.pm находится в каталоге: /share/apps/ViennaRNA-2.1.7/compile-install/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi/RNA.pm

И я изменил переменную окружения PERL5LIB на: export PERL5LIB=/share/apps/ViennaRNA-2.1.7/compile-install/lib/

Проблема решена!