HTTPS? Если ваш клиент использует что-то проприетарное с веб-сервером, выступающим в качестве посредника, для связи с сервером БД, то (как можно надеяться) будет прозрачно между вашим приложением и веб-сервером; просто перейдите с HTTP на HTTPS, то же самое, если вы используете конечные точки веб-службы SQL Server (которые вы можете использовать с помощью HTTPS).
Если вы имеете в виду SSL, тогда SQL-сервер поддерживает зашифрованные соединения между клиентом и сервером, см. этот вопрос.