Создание for l oop в R из списка - PullRequest
0 голосов
/ 27 мая 2020

Я пытаюсь создать for l oop in R, чтобы перебирать список вариантов c geneti, помеченных rsID, и фильтровать результаты по идентификатору пациента.

ace2_snps <- c("rs4646121", "rs4646127", "rs1996225", "rs2158082", "rs4830974", "rs148271868", "rs113539251", "rs4646135", "rs4646179", "rs2301693", "rs16980031", "rs12689012", "rs4646141", "rs142049267", "rs16979971", "rs12007623", "rs4646182", "rs147214574", "rs6632677", "rs139469582", "rs149000434", "rs148805807", "rs112032651", "rs144314464", "rs147077778", "rs182259051", "rs112621533", "rs35803318", "rs35304868", "rs113848176", "rs145345877", "rs12009805", "rs233570", "rs73635824", "rs73635823", "rs4646142", "rs4646157", "rs2074192", "rs79878075", "rs144239059", "rs67635467", "rs183583165", "rs137910448", "rs116419580", "rs2097723", "rs4646170")
for (snps in ace2_snps) {
  genotype_snps <- as.data.frame(bgen_ACE2$data[snps,,])
  idfromcsv <- read.csv("/Users/keeseyyyyy/Desktop/Walley/pospatid.csv")
  id <- as.character(idfromcsv[[1]])
  filtered_snps <- genotype_snps[id,] }

Мне нужно запустить genotype_rs146217251 <- as.data.frame(bgen_ACE2$data["rs146217251",,]) для каждого rsID, а затем я хотел бы пометить переменную filtered_snps в соответствии с ее rsID вместо snps в имени переменной для каждого варианта.

Я не очень знаком с синтаксисом R. Может ли кто-нибудь дать мне несколько советов?

Для одного варианта процесс будет go следующим образом:

genotype_rs146217251 <- as.data.frame(bgen_ACE2$data["rs146217251",,])
idfromcsv <- read.csv("/Users/keeseyyyyy/Desktop/Walley/pospatid.csv")
id <- as.character(idfromcsv[[1]])
filtered <- genotype_rs146217251[id,]
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...