Я пытаюсь создать for l oop in R
, чтобы перебирать список вариантов c geneti, помеченных rsID, и фильтровать результаты по идентификатору пациента.
ace2_snps <- c("rs4646121", "rs4646127", "rs1996225", "rs2158082", "rs4830974", "rs148271868", "rs113539251", "rs4646135", "rs4646179", "rs2301693", "rs16980031", "rs12689012", "rs4646141", "rs142049267", "rs16979971", "rs12007623", "rs4646182", "rs147214574", "rs6632677", "rs139469582", "rs149000434", "rs148805807", "rs112032651", "rs144314464", "rs147077778", "rs182259051", "rs112621533", "rs35803318", "rs35304868", "rs113848176", "rs145345877", "rs12009805", "rs233570", "rs73635824", "rs73635823", "rs4646142", "rs4646157", "rs2074192", "rs79878075", "rs144239059", "rs67635467", "rs183583165", "rs137910448", "rs116419580", "rs2097723", "rs4646170")
for (snps in ace2_snps) {
genotype_snps <- as.data.frame(bgen_ACE2$data[snps,,])
idfromcsv <- read.csv("/Users/keeseyyyyy/Desktop/Walley/pospatid.csv")
id <- as.character(idfromcsv[[1]])
filtered_snps <- genotype_snps[id,] }
Мне нужно запустить genotype_rs146217251 <- as.data.frame(bgen_ACE2$data["rs146217251",,])
для каждого rsID, а затем я хотел бы пометить переменную filtered_snps
в соответствии с ее rsID вместо snps в имени переменной для каждого варианта.
Я не очень знаком с синтаксисом R
. Может ли кто-нибудь дать мне несколько советов?
Для одного варианта процесс будет go следующим образом:
genotype_rs146217251 <- as.data.frame(bgen_ACE2$data["rs146217251",,])
idfromcsv <- read.csv("/Users/keeseyyyyy/Desktop/Walley/pospatid.csv")
id <- as.character(idfromcsv[[1]])
filtered <- genotype_rs146217251[id,]