На каком уровне ваш постоянный таймер? У вас есть несколько сэмплеров в контроллере транзакции, и таймер подключен к контроллеру транзакции (с выбранной опцией, чтобы включить время обдумывания)? Если да, то это может быть причиной.
Согласно документации -
Обратите внимание, что таймеры обрабатываются перед каждым сэмплером в той области, в которой они находятся; если есть несколько таймеров в одной области, все таймеры будут обрабатываться перед каждым сэмплером.
https://jmeter.apache.org/usermanual/component_reference.html#timers