Чтобы ответить на свой вопрос: я не уверен, что это так, но быстрое исправление будет выглядеть так:
[[processors.regex]]
namepass = ["measure1"]
[[processors.regex.fields]]
key = "agent"
pattern = '^.*$'
replacement = "NORMAL"
result_key = "agent_type"
[[processors.regex]]
namepass = ["measure2"]
[[processors.regex.fields]]
key = "agent"
pattern = '^.*$'
replacement = "NORMAL"
result_key = "agent_type"
К сожалению, он содержит дублированный код, что плохо.