Как использовать lsf.yaml с snakemake? - PullRequest
Новая
       106

Как использовать lsf.yaml с snakemake?

0 голосов
/ 18 июня 2020


Я бы хотел использовать snakemake с LSF.
Я следую этот URL .

Мой Snakefile содержит: 

rule all:
input:
    "foo.txt",
    "file.out"

rule foo:
    input: "foo.txt"
    output: "bar.txt"
    shell:
        "set +o pipefail; grep bar {input} > {output} "

rule bar:
    input: "bar.txt"
    output: "file.out"
    shell:
        "echo blah > {output}"

В тот же путь, у меня есть файл lsf.yaml. Файл содержит: 

__default__:
  - "-q medium"
foo:
  - "-q short"

Он работает нормально, когда я запускаю его с помощью команды:

snakemake -j 1

Он не удался, когда я попробовал протестировать с lsf. Я запускаю:

snakemake -j 1 --cluster "bsub"

Я получил:

Создание DAG заданий ... Использование оболочки: / usr / bin / bash Предоставляемый кластер
узлов: 1 Количество заданий:
количество заданий
1 все
1 бар
1 foo
3

[Вт, 18 июня, 15:47:21 2020] rule foo:
input: foo.txt
output: bar.txt
jobid: 2

Резерв памяти (МБ) : 1024 Ограничение памяти (МБ): 1024 обучение:
Нет такой очереди. Работа не отправлена. Ошибка при отправке сценария задания (код выхода 255):

Завершение работы, это может занять некоторое время. Выход из-за сбоя выполнения задания
. Посмотрите сообщение об ошибке выше Полный журнал:
/home/student6/snakemake_test/.snakemake/log/2020-06-18T154721.snakemake.log

В файле журнала у меня такое же сообщение как указано выше плюс:

Ошибка при отправке сценария задания (код выхода 255):

Как я могу заставить snakemake работать с LSF?
Спасибо.

1 Ответ

0 голосов
/ 20 июня 2020

Такой очереди нет. Работа не отправлена. Ошибка при отправке сценария задания (код выхода 255):

возможно, это ключевое сообщение об ошибке. Существуют ли настроенные очереди в вашем кластере LSF? 

__default__:
  - "-q medium"
foo:
  - "-q short"

Используйте bqueues для вывода списка доступных очередей. короткая - одна из предварительно настроенных очередей, средняя - нет.

...