Вот отличная статья на Neo4j. В общем, похоже, что neo4j - ваш лучший вариант, поскольку базы данных документов все еще относительно плоские и могут привести к некоторой неуклюжей настройке (хотя все еще выполнимой).
Neo4j, будучи базой данных графов, должен быть надежным средством для хранения вашего дерева. Я никогда не использовал его, но, учитывая вашу проблемную область, кажется, что это лучший вариант (по крайней мере, тот, который нужно исследовать первым).
Что касается «лучшего пути», я думаю, что это зависит от вашей реализации и требований. Я думаю, что вы должны написать простой тест для графической базы данных, базы данных документов, объектной базы данных и реляционной базы данных (или нет) и посмотреть, какой из них подходит для проблемы, которую вы пытаетесь решить.