Я предлагаю вам взглянуть на проект Wine , который позволяет переносить программы Windows на Linux (и другие Unixes), как правило, без изменения кода
В проекте Wine есть инструментарий, который позволяет вам взять ваш существующий исходный код Windows и скомпилировать его для работы в Linux, связывая с winelib