Это потому, что они имеют одну и ту же идентичность, а именно, они указывают на одну и ту же ячейку памяти. У нас такое же поведение со списком
a = [1, 2, 3]
b = a
print(id(a) == id(b)) # True
b.append(4)
print(a) # [1, 2, 3, 4]
c = a.copy()
a.append(5)
print(c) # [1, 2, 3, 4]
print(id(c) == id(a)) # False
Ваша проблема:
In [1]: import pickle
In [2]: class C:
...: pass
...:
In [3]: hasattr(C,'foo')
Out[3]: False
In [4]: pickled = pickle.dumps(C)
In [5]: id(C)
Out[5]: 2887019170312
In [6]: C.foo = 'bar'
In [7]: id(C)
Out[7]: 2887019170312
In [8]: C_ = pickle.loads(pickled)
In [9]: id(C_)
Out[9]: 2887019170312
Решение. Сделать копию
In [3]: C_ = type('C_', C.__bases__, dict(C.__dict__))
In [4]: pickled = pickle.dumps(C_)
In [5]: hasattr(C, 'foo')
Out[5]: False
In [6]: C.foo = 'bar'
In [7]: C_without_foo = pickle.loads(pickled)
In [8]: hasattr(C_without_foo, 'foo')
Out[8]: False