В документации pandas это предупреждение приводится на странице для iterrows ():
Вы не должны никогда не изменять то, что вы повторяете. Это не гарантируется во всех случаях. В зависимости от типов данных итератор возвращает копию, а не представление, и запись в него не будет иметь никакого эффекта.
Я понимаю, что более безопасным вариантом является использование .apply (), но какой делать, если ваша модификация полагается на другие строки? т.е. взятие скользящей средней или процентного изменения