Вам нужно перебрать все триггеры в обратном порядке и удалить их по одному. Обратите внимание, что индекс триггера отсчитывается от единицы, а не от нуля. Обновление: добавлен код, который перечисляет все задачи.
$service = New-Object -ComObject Schedule.Service
$service.Connect($env:COMPUTERNAME)
$folder = $service.GetFolder('\')
$tasks = $folder.gettasks(0)
foreach ($t in $tasks)
{
$definition = $t.Definition
$triggersCount = $definition.Triggers.Count
for($id=$triggersCount; $id -gt 0; $id--){
$definition.Triggers.Remove($id)
}
$folder.RegisterTaskDefinition($t.Name, $definition, 4, $null, $null, $null)
}