Для этого вы можете использовать что-то вроде Rails Cron (gem install rails_cron), что раскручивает другой процесс rails, предназначенный для выполнения запланированных фоновых задач. Я бы не рекомендовал делать это таким образом, так как дополнительный экземпляр rails нужно будет отслеживать, останавливать и запускать вместе с остальной частью вашего приложения, и, по моему опыту, очень склонен к падению.
Лучшее решение - просто использовать Craken, http://github.com/latimes/craken, для управления crontabs через файлы yaml в вашем приложении rails. Каждая запланированная задача определяется в файле yaml, а затем при развертывании Craken решает, нужно ли обновлять файл CronTab системного уровня или нет. Он подключается прямо к вашему файлу развертывания capistrano и находится под ключ. Это дает преимущество в том, что вы по-прежнему можете управлять запланированными задачами в приложении rails и одновременно выполнять их с помощью cron уровня ОС.