Время команды отправляет свой вывод в STDERR (вместо STDOUT). Это потому, что команда, выполняемая со временем, обычно (в данном случае ls), выводит в STDOUT.
Если вы хотите захватить вывод времени, введите:
(time ls) 2> filename
Это захватывает только вывод времени, но вывод ls идет нормально на консоль. Если вы хотите записать оба файла в один файл, введите:
(time ls) &> filename
2> перенаправляет STDERR, а> перенаправляет оба.