Вы можете использовать anova для сравнения с моделью только для перехвата:
data = iris
data$Species = factor(ifelse(data$Species=="versicolor","v","o"))
fit = glm(Species ~ .,data=data,family=binomial)
fit0 = glm(Species ~ 1,data=data,family=binomial)
anova(fit0,fit,test="Chisq")
Analysis of Deviance Table
Model 1: Species ~ 1
Model 2: Species ~ Sepal.Length + Sepal.Width + Petal.Length + Petal.Width
Resid. Df Resid. Dev Df Deviance Pr(>Chi)
1 149 190.95
2 145 145.07 4 45.885 2.603e-09 ***