Я уже пробовал и clusGap, и fviz_gap_stat; обе требуют вызова функции hcut, однако эта функция не позволяет использовать Брея-Кертиса в качестве метри c для вычисления различий между наблюдениями. Поэтому я попробовал vegdist и безуспешно ввел в команду матрицу Брея-Кертиса.
Gap Statisti c для оценки количества кластеров
gap_stat <- clusGap(otu_matrix,FUN=hcut,hc_func="hclust",hc_method="ward.D",isdiss=TRUE,Braymatrix,K.max = 50, B = 500)
Clustering k = 1,2,..., K.max (= 50): ..
Ошибка в if (is.na (n) || n> 65536L) stop («размер не может быть NA и превышать 65536»): отсутствует значение, где требуется TRUE / FALSE,