В регистрации пула приложений есть небольшая задержка. Если вы откроете свой веб-сайт, это заставит эту операцию завершиться. Если вы этого не сделаете, и вы сбросите настройки до его завершения, то он исчезнет.
Вы звоните iisreset /nowait? Это заставит его отказаться от этой регистрации, просто позвонив по номеру iisreset.
Попробуйте iisreset /noforce, чтобы быть в безопасности с этим, он будет ждать, пока IIS завершит свою работу, и если он остановится, не будет принудительно убивать что-либо. Если это занимает много времени, задайте тайм-аут, который больше, по умолчанию это 60 секунд. Вы можете сделать это через: iisreset /noforce /timeout:300, чтобы дать ему 5 минут расслабления.