Я использую библиотеку fluentftp, чтобы загрузить папку на ftp. Как пропустить подпапки каталога.
// upload only PDF files
var rules = new List<FtpRule>{
new FtpFileExtensionRule(true, new List<string>{ "pdf" }),
new FtpFolderNameRule(false, FtpFolderNameRule.CommonBlacklistedFolders)
// only allow PDF files
};
ftp.UploadDirectory(ServiceAbrechnungPath, @"/Abrechnungen",
FtpFolderSyncMode.Mirror, FtpRemoteExists.Skip, FtpVerify.None, rules);