Нет. Вам не нужно заботиться о sub node_module внутри модуля A или модуля B. Вам следует позаботиться о том, как использовать модули A и B. Если вы не хотите использовать модуль C в своем коде, вы должны установить его независимо. Например:
npm install C
В этом случае все модули A, B и C являются папками одного уровня.
node_module/
---Module A
|---Module C (1)
---Module B
|---Module C (2)
---Module C (*)
Резюме: модуль C (*) отличается с Модулем C (1) и (2). Возможно, та же версия или другая версия.