Я не могу вам помочь со встроенной поддержкой JS и TS, но могу рассказать, как это сделать с помощью плагина protobuf-ts (я автор).
// this creates an empty new message
let msg = ShardKvMap.create();
// this packs the empty new message into an Any message,
// and adds it to map under the key "foo":
msg.data["foo"] = Any.pack(msg, ShardKvMap);
Насколько мне известно, protobuf-ts - единственная библиотека для JavaScript / TypeScript, которая полностью поддерживает google.protobuf.Any, включая формат JSON. Вот раздел о любой поддержке в руководстве .