Добавьте пользовательскую реализацию IDocumentFilter
в конфигурацию swagger:
services.AddSwaggerGen(options => options.DocumentFilter<RemoveSchemasFilter>());
В методе Apply
для RemoveSchemasFilter
вы сможете идентифицировать элементы OpenApiDocument
, которые хотите удалить и сделать это соответственно.