Во втором и третьем случаях фактический индекс присутствовал, и это приводит к удалению этого элемента, что приводит к numeri c (0) для второго случая и в третьем случае с положительным индексом, третий и четвертый не существует и дает NA
c(1, 4, 3)[c(5, 6)] # // it is vector of length 3, so 5th and 6th doesn't exist
#[1] NA NA
c(1, 4, 3)[-c(5, 6)] # // no values in 5th and 6th to remove
#[1] 1 4 3 # // so it returns the original vector
В случае OP
V[-1] # // returns numeric(0) as the first and only element is removed
#numeric(0)