Нашел решение, похоже оно не добавлено в документацию local_auth . Обязательно добавьте метод переопределения configureFlutterEngine, как показано ниже, после перехода с FlutterActivity на FlutterFragmentActivity в классе MainActivity
import io.flutter.embedding.engine.FlutterEngine;
import io.flutter.plugins.GeneratedPluginRegistrant;
import io.flutter.embedding.android.FlutterFragmentActivity;
public class MainActivity extends FlutterFragmentActivity {
@Override
public void configureFlutterEngine(FlutterEngine flutterEngine) {
GeneratedPluginRegistrant.registerWith(flutterEngine);
}
}