Когда вы оформляете заказ, вы переключаетесь на эту кодовую базу. Когда вы извлекаете из источника, вы обновляете свою локальную копию до всего, что есть в кодовой базе. Когда вы проверяете новую ветку, вы начинаете с кодовой базы предыдущих веток.
git checkout master
git pull origin master
git checkout -b <new branch>
Это должно работать.
Чтобы увидеть, что будет объединено перед фактическим объединением, вы можете использовать это вместо pull
git fetch origin master