Есть ли способ сохранить фигуру сюжета из библиотеки pixstem в папку (Python) - PullRequest
0 голосов
/ 28 мая 2020

Я студент колледжа, все еще пытаюсь разобраться в кодировании, поэтому извиняюсь, если я не очень понимаю. Для проекта, помогающего аспиранту и профессору, мы используем библиотеку Pixstem для анализа дифракционных картин из файла электронной микроскопии. Мы выяснили, как обрабатывать и изолировать каждую дифракционную картину в заданном диапазоне, но столкнулись с проблемой при построении каждой картины. Для справки в каждом файле есть тысячи шаблонов. Другая группа предложила нам сохранить графики в папке вместо того, чтобы просто выводить графики. Независимо от погоды или нет, это исправит ошибку, нам все равно нужно найти способ каким-либо образом сохранить графики. Я понимаю, что Pixstem использует библиотеки matplotlib и hyperspy. Я пробовал использовать .figsave () et c. Вот код, используемый

for i in range(10):
for j in range(10):

    #processing the diffraction pattern
    s = hs.signals.Signal2D(im.inav[i,j])
    imarray = np.array(s)
    k = ps.PixelatedSTEM(s)
    st = k.template_match_disk(disk_r=5, lazy_result=True, show_progressbar=False)
    peak_array = st.find_peaks(lazy_result=False, show_progressbar=False)
    s_rem = k.subtract_diffraction_background(lazy_result=False, show_progressbar=False)
    peak_array_rem_com = s_rem.peak_position_refinement_com(peak_array, lazy_result=False, show_progressbar=False)
    s_rem.add_peak_array_as_markers(peak_array_rem_com)
    #this is where I would do s_rem.plot()
    #instead I want to just avoid plotting and just
    #go straight to saving

для ссылки, вот все библиотеки, которые я использую

import numpy as np 
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import pixstem.api as ps
from PIL import Image
import hyperspy.api as hs
import csv
import os

%matplotlib
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...