Если я вас правильно понял, это может быть одно из решений:
<policies>
<inbound>
<base />
<choose>
<when condition="@(context.Subscription.Id == "123")">
<rate-limit-by-key calls="500" renewal-period="60" counter-key="@(context.Subscription.Id)" />
</when>
<when condition="@(context.Subscription.Name == "example-b")">
<rate-limit-by-key calls="100" renewal-period="60" counter-key="@(context.Subscription.Id)" />
</when>
<otherwise>
<rate-limit-by-key calls="10" renewal-period="60" counter-key="@(context.Subscription.Id)" />
</otherwise>
</choose>
</inbound>
<backend>
<base />
</backend>...
Таким образом, я думаю, вы можете изменить ограничение скорости, указав c идентификаторы или имена подписки.