Обратите внимание, что -webView:decidePolicyForNavigationAction:...
- недокументированный метод (в любом случае для iPhoneOS. Он задокументирован для Mac OS X), и приложение, скорее всего, будет отклонено, если это для AppStore.
Контроллер вида не связан с видом. Применяется только обратное. Чтобы получить доступ к контроллеру представления, сделайте его глобально доступной переменной или свойством.
Если обычно используется построитель интерфейса, можно определить выход для делегата приложения, который подключается к контроллеру навигационного представления. Тогда вы можете использовать
MyAppDelegate* del = [UIApplication sharedApplication].delegate;
[del.the_navigation_view_controller pushViewController:...];