Нет. Документация (javadoc) генерируется из исходных (.java) файлов. Все комментарии / javadocs теряются после компиляции.
Пользователи библиотеки смогут использовать автозаполнение своих IDE только в качестве некоторой документации.
Я не вижу ваш скрипт, но я предполагаю, что вы можете применить ту же логику к генерации javadoc, что и та, что генерирует jar.