Я вижу, вы уже решили свою проблему - но для потомков:
У нас была похожая проблема, и обработчик SVC уже был правильно установлен. Наша проблема заключалась в том, что обработчик ExtensionlessUrl обрабатывал запросы до того, как они достигли обработчика SVC.
Чтобы проверить это - в «Сопоставлениях обработчиков» в IIS Manager на уровне веб-сервера просмотрите список обработчиков по порядку (это параметр справа) Если различные обработчики ExtensionlessUrl появляются над обработчиками SVC, то несколько раз перемещайте их вниз, пока они не окажутся внизу.