Вместо использования библиотеки времени я бы использовал собственное событие таймера черепахи для создания таймера обратного отсчета:
from turtle import Screen, Turtle
FONT = ('Arial', 30, 'normal')
def countdown(time):
screen.onclick(None) # disable click until countdown completes
turtle.clear()
if time > 0:
turtle.write(time, align='center', font=FONT)
screen.ontimer(lambda: countdown(time - 1), 1000)
else:
turtle.write("Click Screen", align='center', font=FONT)
screen.onclick(lambda x, y: countdown(30))
turtle = Turtle()
turtle.hideturtle()
turtle.write("Click Screen", align='center', font=FONT)
screen = Screen()
screen.onclick(lambda x, y: countdown(30))
screen.mainloop()
Это будет работать независимо от других действий на экране, пока вы остаетесь в пределах модель события черепаха.