Простое решение - просто использовать страницу компонентов:
InstallDir $ProgramFiles\MyAppCollection
Page Components
Page InstFiles
Section "App 1"
SetOutPath $InstDir\App1
File app1.exe
SectionEnd
Section "App 2"
SetOutPath $InstDir\app2
File app2.exe
SectionEnd
Используйте nsDialogs plug-in , если вы хотите создать настраиваемую страницу. В функции выхода страниц вы можете использовать NSD_GetState для получения состояния флажка и макросов из Sections.n sh для переключения скрытого раздела.