layout/main.fxml
- это «относительный путь». Чтобы получить конкретный путь, система добавляет путь к пакету класса, для которого вы вызываете getResource, который будет любым пакетом, в котором находится код, поскольку вы вызываете getResource в анонимном локальном классе.
Абсолютный путь будет работать независимо от того, где находится код:
getResource("/fr/etna/penelope/layout/main.fxml")
Другим решением может быть вызов getResource для указанного c класса вместо анонимного класса, поскольку при этом будет использоваться фиксированный имя пакета. Например:
Main.class.getResource("layout/main.fxml")