Префикс каждого заголовка с помощью X, сохраняя исходную структуру - PullRequest
0 голосов
/ 07 мая 2020

Мне трудно редактировать матрицу с разделителями табуляцией. Я не могу показать вам исходный файл, потому что в нем 445 полей и 318 строк. Исходный файл выглядит следующим образом:

OTUId            198  341A  341B  341C  201  200  205
OTU103080889      0   600    0    200    0    0    2 
OTU104847416      0   450    0    1870   0    0    0
....

Первая проблема заключалась в том, что когда я загрузился в R, у меня возникла проблема с номерами в качестве заголовка, поэтому, чтобы не потерять весь выполненный анализ, я изменил заголовок из этого примера выше, используя это:

awk 'NR==1{ for(i=1;i<=445;i++) gsub ("^", "X", $i); }1' my_otu_table.txt >> teste.txt"

Это сработало для добавления X перед каждым полем, но я потерял исходный формат с разделителями табуляции.

Я искал для этого последнего дополнения к моему предложению awk, приведенному выше, но мне трудно это исправить.

Не могли бы вы мне помочь, пожалуйста? Спасибо Извините, я не знаю, как отформатировать таблицу в этом посте

1 Ответ

2 голосов
/ 07 мая 2020

Думаю, это проще сделать с помощью GNU sed:

$ sed '1s/\</X/g' file
XOTUId            X198  X341A  X341B  X341C  X201  X200  X205
OTU103080889      0   600    0    200    0    0    2
OTU104847416      0   450    0    1870   0    0    0
...