Любой подробный ответ будет зависеть от специфики вашего вопроса, но в целом: Да.
Операционная система - это то, что управляет доступом к различным вещам, всеми операциями чтения и записи данных на диск, проходит через ОС.
Таким образом, код ОС может гипотетически делать все, что захочет, с данными, которые вы читаете и пишете. это будет сделано, и никто этого не заметит.