S3 не может заархивировать его на лету, поскольку это всего лишь служба хранения файлов. Вы, конечно, можете использовать лямбда-выражение, но самый простой способ загрузить "папку" на S3 - это использовать AWS CLI.
aws s3 sync s3://<bucket_name>/<folder_key> <local_dest_path>
Затем вы можете заархивировать ее на локальном компьютере, если это необходимо.