Вы можете сделать что-то подобное, чтобы добавить или удалить несколько классов.
const header = document.getElementById('header');
const addClasses = ['foo', 'bar', 'hello'];
const removeClasses = ['class1'];
header.className = header.className.split(' ')
.filter(c => !removeClasses.includes(c))
.concat(addClasses).join(' ');
// to show the classes on the #header element
document.body.innerHTML = header.className;
<h1 id="header" class="class1 class2 class3"></h1>