Если вы заинтересованы в HPC с графическими процессорами, то, возможно, вы можете посмотреть jCuda . Это обеспечивает привязки Java для CUDA, а также доступ к CUDA FFT, CUDA BLAS и CUDA DPP. Я не видел отчетов о производительности в этой библиотеке, поэтому не могу гарантировать, что она будет очень хорошей.
Помимо этого, я не совсем уверен. Если вы заинтересованы в том, чтобы делать подобные вещи в качестве учебного упражнения, тогда Java должна быть достаточно хорошей, но если у вас есть серьезная потребность в HPC, вы, вероятно, захотите реализовать ее на C и использовать собственный интерфейс Java для общаться с ним.