Прежде всего, вам нужно куда-то отправить данные вашей формы. В вашем случае это тот же сценарий.
<form method="GET" action="path/to/my/script.php">
Во-вторых, shell_exe c () возвращает результат выполненной команды. Вы уже написали код.
$path = $_GET['folderPath'];
$bits = $_GET['bits'];
$group2 = $_GET['group2'];
$output = shell_exec("shell.sh $path $bits $group2");
В-третьих, отображайте вывод там, где хотите.
<div><?php print $output; ?></div>