HKEY_CURRENT_USER
, как следует из названия, - это ключ, в котором хранятся данные для текущего пользователя. Я предполагаю, что вы используете интегрированную учетную запись для запуска своей службы, что-то вроде «Сетевая служба», поэтому вы не увидите ключ, потому что учетная запись не та, которая создала запись.
Чтобы решить эту проблему у вас есть два варианта: сохранить ключи в HKEY_LOCAL_MACHINE
или запустить службу с той же учетной записью, которая создавала записи в реестре (я бы не рекомендовал это, поскольку это может создать проблемы с безопасностью).