У вас есть for l oop, где вы каждый раз читаете ввод и каждый раз перезаписываете переменную num этим новым inout. После конца for l oop num содержит последнее введенное значение, которое является 4.
Затем вы вызываете для него метод absolute_value() и сохраняете этот результат (который равен 4) в переменную n.
Затем вы дважды вызываете print(n) и поэтому дважды распечатываете значение, сохраненное в n.
Если вы хотите вызвать свой absolute_value() метод для каждого ввода и распечатайте результат для каждого ввода, тогда эти две строки нужно сделать с отступом, чтобы они находились внутри for l oop.