Вы проверяли пакет .app, чтобы увидеть, действительно ли библиотеки не существуют?
Если это так, я бы предположил, что в macdeployqt действительно есть ошибка, или он просто не может найти библиотеку, которую вы связываете. Лично я никогда не видел, чтобы macdeployqt на самом деле копировал любые необходимые сторонние библиотеки в комплект.
Интересно то, что macdeployqt никогда не работает напрямую с файлом .pro. Он просто делает что-то для созданного пакета приложений. И после быстрого взгляда на документацию эта страница документации Qt 4.7 явно доказывает, что я прав:
Примечание. Если вы хотите, чтобы сторонняя библиотека была включена в ваш пакет приложений, то вы должны скопировать библиотеку в пакет вручную после создания пакета.
Я бы предположил, что есть ошибка в документации 4.6. Для меня macdeployqt никогда не помещал какие-либо библиотечные файлы в мой комплект (кроме, конечно, Qt *).
В прошлом я много времени проводил с этим материалом и в итоге написал простой маленький (Python) скрипт, который упаковывает все в мой пакет, меняет имена библиотек по мере необходимости и помещает все в файл .dmg с автоматическим присвоением имен.
Возможно, не то, что вы хотели услышать, но это работает. ;)