ошибки при запуске сценария R на кластерах - PullRequest
1 голос
/ 19 июня 2020

Я запускаю сценарий R, используя foreach() и %dopar% в кластерах. Не меняя ничего в моем коде, выполнение моей программы прерывается каждый раз, возвращая 3 разных ошибки:

     Error in unserialize(socklist[[n]]) : error reading from connection
        Calls: %dopar% ... recvOneData -> recvOneData.SOCKcluster -> unserialize
        Execution halted
    Error in { : 
      task 1 failed - "unable to load shared object '/cluster/apps/r/3.5.1_openblas/x86_64/lib64/R/library/units/libs/units.so':
      libudunits2.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory"
    Calls: %dopar% -> <Anonymous>
    Execution halted
3.
    TERM_MEMLIMIT: job killed after reaching LSF memory usage limit.
    Exited with exit code 1

В последнем сценарии я попытался увеличить количество узлов или используемую память в команде отправки bsub -n 23 -W 20:00 -R "rusage[mem=4072]" "R --vanilla --slave <1.algorithm_function_part0_alternative.R> resultFunPart0Alt.out", но все равно он возвращает то же самое ошибка или одна из двух предыдущих. Я использую R версии 3.5.1.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...