Я предполагаю, что фиксированный индекс 2, который появляется в вашем примере кода, останется фиксированным, что сводит проблему к случаю, когда A является одномерным. Если я правильно понимаю вопрос и смотрю на результат вашей выборки, вы ищете индекс, а не значение, появляющееся в одном из C, так что мы можем заменить квадрат абсолютным значением. Сначала мы создаем это абсолютное значение всех комбинаций A [i, 2] и B [j] с помощью подсказки @yatu, а затем вычисляем минимум argmins вдоль второй оси (размером n)
c = np.abs(A[:,2]-B[:,None])
answer = np.min(np.argmin(c, axis=1))
Надеюсь, я правильно понял то, о чем вы просили, если фиксированный индекс A должен быть изменен, расширьте широковещание:
c = np.abs(A[:,:]-B[:,None,None])
answer = np.min(np.argmin(c, axis=1))
Результатом будет int, который отличается из вашего образца кода.