Хорошо, я сам решил это - вот это для всех остальных ...
select 'create index IX_'+c.name+'_'+p.name+' on '+c.name+'('+cf.name+');'
from sysforeignkeys fk join sysobjects c on fk.fkeyid=c.id
join sysobjects p on fk.rkeyid=p.id
join syscolumns cf on c.id=cf.id and cf.colid = fk.fkey
left join sysindexkeys k on k.id = cf.id and k.colid = cf.colid
where k.id is null
order by c.name
Это не работает на 100%, например, если у вас есть два FK на одной таблице к одной и той же первичной таблице, но таких примеров достаточно (по крайней мере, в моей БД), чтобы я мог вручную исправить их вручную .