Вот один метод, предполагающий, что это matrix
un1 <- unique(colnames(m1))
lst1 <- setNames(lapply(un1, function(x) unname(c(m1[, colnames(m1) == x]))), un1)
do.call(cbind, lapply(lst1, `length<-`, max(lengths(lst1))))
# EL SALVADOR HONDURAS NICARAGUA GUATEMALA
#[1,] 18 16 7 17
#[2,] NA NA NA 9
данные
m1 <- structure(c(18, 16, 7, 17, 9), .Dim = c(1L, 5L), .Dimnames = list(
"TOTAL_CBP", c("EL SALVADOR", "HONDURAS", "NICARAGUA", "GUATEMALA",
"GUATEMALA")))