Лучше всего, за исключением решений для баз данных, присоединиться с помощью LINQ (к объектам) после выполнения.
Я понимаю, что это не то решение, на которое вы надеялись. По крайней мере, на этом уровне вам не придется беспокоиться об ограничении списка IN (.Contains)
Edit:
вне решений для баз данных выше действительно указывает на связанные серверные решения, где вы позволяете таблице / представлению из контекста A существовать в базе данных из контекста B.