unnest в tidyr 1.1.0 ошибки с ошибкой: невозможно выделить вектор размером 1024 КБ - PullRequest
Новая
       109

unnest в tidyr 1.1.0 ошибки с ошибкой: невозможно выделить вектор размером 1024 КБ

0 голосов
/ 19 июня 2020

Анализ, который работал со старой версией tidyr (около апреля 2020 г.) сейчас (июнь 2020 г.), завершился ошибкой после обновления большинства моих пакетов с почти тем же кодом:

Код для tidyr 1.1. 0 (для удаления предупреждения) 

Model_Coeff <-  tidyr::unnest(Model_Coeff, cols = "Coeffs_model")
Error: cannot allocate vector of size 1024 Kb

(работает на Windows, R 3.6.3, 32 ГБ ОЗУ, все пакеты актуальны на сегодняшний день). unnest запускается в течение нескольких минут, прежде чем заполнить память и затем вывести ошибку.

Старый код, который работал, но теперь также не работает с 

Model_Coeff <-  tidyr::unnest(Model_Coeff)
Error: cannot allocate vector of size 1024 Kb
In addition: Warning message:
`cols` is now required when using unnest().
Please use `cols = c(Coeffs_model)`

К счастью для меня, есть также функция, называемая unnest_legacy, с которой мой анализ все еще работает, т.е. 

Model_Coeff <- tidyr::unnest_legacy(Model_Coeff)

Model_Coeff - это тиббл с 

dim(Model_Coeff)
[1] 30450     5

, который выглядит так: 

Browse[3]> head(Model_Coeff)
# A tibble: 6 x 5
# Groups:   protein_Id, peptide_Id [6]
  protein_Id                           peptide_Id                Coeffs_model     isSingular nrcoef
  <chr>                                <chr>                     <list>           <lgl>       <int>
1 CON__A2I7N3~0~NA                     DILSQLGIK~3951            <df[,5] [5 x 5]> FALSE           5
2 CON__A2I7N3~0~NA                     FSISSHYQLK~8659           <df[,5] [5 x 5]> FALSE           5
3 CON__A2I7N3~0~NA                     LTPETLTR~19235            <df[,5] [5 x 5]> FALSE           5
4 CON__ENSEMBL:ENSBTAP00000007350~1~NA LLLFSPSVVR~17621          <df[,5] [5 x 5]> FALSE           5
5 CON__ENSEMBL:ENSBTAP00000007350~1~NA LLLPDSLTTWEIHGVSLSK~17642 <df[,5] [5 x 5]> FALSE           5
6 CON__ENSEMBL:ENSBTAP00000018574~4~NA DYDLVGALR~5077            <df[,5] [5 x 5]> FALSE           5

Q: Почему версия unnest по умолчанию больше не работает с моим тибблом в версии 1.1.0?

...