Вы можете подсчитать значения в CountA, а затем отфильтровать строки DataFrame на основе количества CountA, превышающего 1. Если значение count больше 1, возьмите CountB, иначе CountA.
df = pd.DataFrame([[15,3],[20,52],[20,31],[45,43]],columns=['CountA','CountB'])
colAcount = df['CountA'].value_counts()
#then take the indices where colACount > 1 and use them in a where
df['final'] = df['CountA'].where(~df['CountA'].isin(colAcount[colAcount>1].index),df['CountB'])
df = df.sort_values(by='final', ascending=False).reset_index(drop=True)
# the rank is the index
CountA CountB final
0 20 52 52
1 45 43 45
2 20 31 31
3 15 3 15
Подробнее см. здесь .