Браузер IE показывает собственное приглашение ОС для загрузки файла.
Selenium не может автоматизировать запрос на загрузку файла, отображаемый браузером IE.
Итак это может быть причиной того, что ваш код Selenium не работает для загрузки файла.
Вам нужно решить эту проблему другим способом.
Есть некоторые сторонние библиотеки, которые могут вам помочь для автоматизации запроса загрузки.
Для java, python или Ruby чаще всего используются autoit или sikuli.
Поэтому я предлагаю попробовать проверить эти библиотеки и использовать тот, который может служить цели.