Вы сравниваете индекс массива, а не элемент массива, со значением.
Также нет причин помещать селектор в l oop, поскольку вы выбираете один и тот же ввод каждый время.
Просто получите входное значение и используйте .includes()
, чтобы увидеть, есть ли оно в массиве.
setInterval(function() {
var MaterialGod = [
"FPPUTHP1100000",
"FPPUTHP1100000",
"FPPUTHP1110000",
"FPPUTHP1500000",
"FPPUTHP1680000",
"FPPUTHP1690000",
"FPPUTHP1590000"
];
if MaterialGod.includes($("label:contains('Meterial Code')").parent().next().find('input').val()) {
$('#__item5-__box2-0').remove();
}
}, 100);